Puedes hacer vídeos interactivos con flash sin programar prácticamente nada (la programación sería con action script 3), pero no sé si estamos hablando del mismo tipo de vídeos interactivos.
La pregunta del significado de capa interactiva es rara, si puedes copiar el párrafo del que la has sacado será más fácil explicarlo con un contexto. En flash puede significar que tienes los vídeos alineados en una línea de tiempo y, por encima de esa línea de tiempo, añades la capa con los botones que te servirán para interactuar con ella (mostrar información adicional o similares). No sé si estas familiarizado con el montaje de vídeo a secas, con línea del tiempo y posibilidad de añadir niveles de visualización por encima y por debajo de cada uno.
Pero puede que estés queriendo hablar de visitas interactivas, o de cualquier otra cosa.