Supongo que, si no son muy complicados los objetos, puedes hacerlo con game. Creas la escena y colocas los objetos, con rigidbody, dentro de la caja, aunque un poco separados. (o a más altura, para que caigan).
Luego en la barra superior activas Blender game y en game la opción récord animation, esto hace, que al presionar letra p (game) los movimientos de los objetos, se queden grabados en el editor graphic.
Cuidando de parar la animación cuando creas que están, porque si no, seguirá grabando y grabando.
Luego solo tienes que hacer en Blender render, una animación hasta el frame donde ya están quietos todos los objetos y hacer el render.
Subo un blend con unas esferas. Si quieres probarlo, colocate en el frame 1 y presiona letra p y actuaran por física. Como ya está la opción grabada, lo puedes luego hacer fuera del game, presionando Alt+a.