Hola. Para poder realizar lo que quieres primero debes crear la caja donde van a caer y los cubos, posiciónalos en el punto desde el que van a caer.
Después ve a la pestaña para crear helpers, en la lista desplegable selecciona Reactor.
De los botones y opciones que se abren cuando seleccione Reactor da click en RB Collection.
Y ponlo donde sea en tu escena (la posición no es importante, no importa si esta sobre, debajo de algún objeto etc, este no aparecerá en el render).
Ahora, da click en el RB Collection que acabas de crear y ve a la pestaña modify.
Selecciona pik (vamos a incluir los elementos y formar una colección de cuerpos rígidos que interactúan entre todos).
Selecciona los cubos y la caja uno por uno hasta que en tu lista se encuentren todos.
Ya tenemos la colección ahora vamos a hacer la simulación sin antes parar a dar algunos parámetros.
Ve a la pestaña utilities y da click en el botón Reactor.
Lo que vamos a hacer es dar una masa a cada cubo que está por caer en la caja, para esto en las opciones que tenemos de Reactor, ve hasta abajo y busca dónde está la parte de properties (si no está desplegada da click en + y se abrirá.
Ahora selecciona uno a uno los cubos (si es que tienes algunos de diferentes materiales, metales, o plástico la masa es diferente, si todos son digamos metal selecciónalos todos y dales una masa en general) tienes que entrar un número en la masa.
No des masa a la caja donde caerán pues así hacemos que está caja este fija, existen formas de hacer que cambie de dinámica a estática, pero esto es un poco más complejo, por ahora solo da masa a los cubos.
Selecciona la caja y ve a la parte de simulation geometry, ahí selecciona Concave Mesh, esto hará que vea a la caja con un hueco y no como un solido sin depresiones. (trata los dos modos para que veas la diferencia).
Busca la parte de preview y animation (en la misma parte de opciones de utilities / Reactor).
Vamos a ver una vista previa de cómo quedará nuestra animación.
Da click en preview in window (en la nueva ventana que sale de Reactor) ve al menú de simulation y da click en play/pause así vemos la versión que estaremos usando en animación, si estas contento con los parámetros cierra la ventana de Reactor.
Si no estas contento la cierras y puedes modificar masa, fricción etc, posición agregar más cubos etc lo que quieras.
Si ya está como deseas.
Arriba del botón preview in window, existe otro llamado create animation y se grabaran los frames para tu animación.
Es importante que cheques el timing, start frame es el cuadro donde empezara a simular, end frame es el último, si requieres una animación de por decirlo 4000 cuadros usa eso como end frame.
Esto es introductorio, espero te ayude a empezar.