Vale fastidiar, ahora ya entendí cuál es el problema, que es que mucho avance tecnológico, pero este tipo de cosas que en persona en medio minuto no hay más que entender, por lenguaje escrito se hace cuesta arriba.
Porque claro cuando ahora decías que el fondo era 2d ya si que he flipado, pero te referirás a que es capa 2d (render 3d) en After Effects y los cuadrados, capa 3d (si no es así me mandas una colleja).
Te digo como lo haría yo, que habrá más formas y seguro mejores, pero uno no da para más:
-Como no sé por qué no puedes insertarlo en el 3d, aun así te voy a recomendar que así lo hagas, porque es lo más fácil. Si es por separar los renders e ir avanzando trabajo o porque pesa más todo junto, pues siempre puedes renderizarlo por separado y juntarlo en composición, evitando el tema del tracking, que todo sea dicho, es un coñazo.
-Ea, si como dices no puedes hacerlo en 3d, y por lo que sea el tracking te falla (con el max es que no puedo ayudarte), lo que se me ocurre es que hagas los cuadrados en 3d, y los rendes en blanco y negro, o que te exportes la secuencia solo con esos 2 objetos o bien solo el alfa, de esta forma, ya no tienes que trackear la cámara, solo coger e ir probando con los cuadrados que ya tienes, a componerlos exactamente igual en el After, con la diferencia que es sólo calcarlo, con eso y los cuadrados 2d (capa 3d) yo creo que te da de sobra y seguro que no tardas un cagado.
Y seguro que se nos está escapando alguna solución más sencilla, pero anoche gasté de las últimas neuronas que van quedando, de todas formas, esta tarde estoy aquí de pruebas con LightWave y el After, a ver si me da tiempo a exportar una Cam y probar el trackeo del 3d al ae, a ver cómo va que nunca lo he probado. Suerte y animorr.