Si no lo he entendido mal, lo que tú quieres hacer es una rotoscopia. La verdad es que no he hecho nunca ninguna, pero si tuviera que hacerla, así sin saber más, lo haría en Photoshop, pintando frame a frame, me imagino que habrá preogramas que faciliten el trabajo, pero los desconozco.
Por lo que hacer a los softwares 3d, sin no has trabajado nunca con ellos, me olvidaria de usarlos, ya que lo que dices que usan no son filtros, ¿cómo se entendería en un programa 2d, sino Shaders o texturas que se aplican a un modelo en 3d. Este deberías modelar, animarlo y sería algo complejo empezar de zero.
Yo te aconsejaría que buscaras algún programa de animación 2d. Un saludo.