El problema lo tienes como te indico en la imagen. Dibujas sobre la misma geometría que estas creando, lo que hace que cuando crees nuevos vértices en el espacio y no encuentres (evidentemente) nada porque no lo has creado se pierdan.
Para trabajar en el espacio elige una de las otras opciones, grid o selection, para crear nuevos polígonos como dices usa border(léete la ayuda, porque no funciona igual para trabajar en espacio que sobre una superficie).