Quizá renderizando las nubes que quieres que, atraviesen, con los aviones puestos con un material matte-shadow. De ese modo la capa de las nubes en cuestión tendrá los agujeros correspondientes a los vionetos.
Igual estoy diciendo una gilipollez, pero con las señas que das es lo único que se me ocurre. Pon una captura o algo y a ver qué se nos ocurre.