Hola Álvaro, no he visto la nube de puntos, pero me atrevo a decir que el problema no es el meshlab, es la nube generada por VisualSFM. Hay muchos factores que determinan la calidad del modelo generado con fotogrametría, una de ellas es que el modelo sea complicado con partes finas, con muchos recovecos que es tu caso si no me equivoco. Prueba con el meshroom a ver si te da un mejor resultado, o si consigues que funcione con tu cámara/móvil (mi móvil en concreto no funcionaba).
Algo que puede suceder también es que haya muchos puntos flotando en medio y al hacer el cálculo de la superficie pues use también esos puntos, sería cuestión de limpiar un poco o aplicar máscaras a las imágenes si el VisualSFM lo permite.
Otra cosa es intentar mejorar la luz con alguna pantalla grande que no cree sombras. Sobre todo, intenta conseguir fotografías de más calidad y más mpx.
Sigue investigando a ver si logras mejorarlo, yo en tu lugar iría probando con 20-30 fotografías para ver el resultado y cuando tengas claro cómo consigues mejor calidad pues haces más fotos.