Una pregunta un poco extensa, están los croma keys, pantallas verdes, están los programas de compositing, como After Effects, que con animación de máscaras, pueden agregar o quitar objetos en la escena, están los programas de motion tracking que capturan el movimiento de la cámara para agregar objetos 3d, que concuerden con el espacio y movimiento de la escena, están los programas de 3d con los cuales se hacen los objetos, etc.
Es bueno ver los DVD con las making of o cómo hicieron las escenas que ves en pantalla y así tendrás una idea de cómo se hacen las películas con efectos especiales.
Aquí puedes ver un reportaje en inglés de los Transformers: https://features.cgsociety.org/estory…Estory_id=5153.