El problema lo he podido solucionar parcialmente haciendo un append a otra sesión de Blender 2.49a he importando los objetos (que no eran muchos). Pero me gustaría saber que hacer para solucionarlo.
Estaba modelando con una vista en 3d dividida en dos, y no sé que combinación de teclas + ratón he pulsado que ahora solo puedo ver una de ellas a pantalla completa, la ventana de botones ha desaparecido y tampoco responde si intento crear nuevas ventana o para dividir de nuevo la pantalla.
Dejo una captura para ver si me podéis ayudar.