Gracias por contestar Inscari. El plugin ya lo había probado, pero estaba buscando algo que me diera alguna referencia visual en la vista 3d con las dos cámaras.
Al final lo he solucionado añadiendo una nueva escena y enlazando Control + l la otra, de forma que en cada una selecciono una cámara para renderizar y así puedo mezclar las dos escenas con los nodos. Es un poco complicado de explicar, pero en el adjunto lo podéis ver realizado. Oí es la escena que renderiza el ojo izquierdo y od la derecha. La imagen resultante es un anaglifo magenta/verde porque mis gafas son magenta verdes, pero se puede configurar los canales para que sea rojo/cyan que son las gafas más comunes.
Si os interesa a alguno os puedo contar más.