En el caso de que se borren texturas o luces, (no sé si esto pasa con otro tipo de entidades) Blender guarda el listado hasta que se cierra el programa y al volver a abrir el dibujo ya no aparecen.
No es ninguna disfunción, Blender esta programado así.
De todas formas, yo nunca he tenido problemas con éso. Simplemente selecciono la lámpara en la ventana 3d y para adelante.
También tienes la opción de trabajar con un listado actualizado abriendo una ventana outlainer.
Y ánimo con la práctica de Blender, es raro pero tiene muchas virtudes que recompensan el esfuerzo invertido.