Conocéis algún programa en Linux que pueda abrir los 3ds y poder expórtalo a obj.
Si, Blender. Y también Wings3d y otros, pero si la malla esta separada lo seguirá estando, es decir, no es que se separe o dañe porque el importador de Blender falle.
Si los modelos son tuyos, hechos en 3dsmax, por ejemplo, lo suyo es exportarlos como (*.obj), así no llegan teselados cuando seimporten en otro software.
Supongo que estas intentando importar de alguna librería de modelos gratuitos, ahí dependes de cómo estén las mallas de los modelos, no del importador de Blender, en todo caso revisa los parámetros que te permita configurar el importador.