Vaya, vale. Pues veras: Supongo que el recorte lo habrás hecho con máscaras, generalmente no hace falta modificar la máscara fotograma a fotograma, así que, lo mejor es empezar añadiendo fotogramas clave (keys) solo en las zonas con cambios bruscos de posición y forma del objeto que quieres cubrir con la máscara, y hacer un previo para ver cómo queda. Luego vas modificando la máscara y añadiendo nuevos fotogramas clave en las zonas que peor se adapte la máscara, y haces otro previo. Y así poco a poco vas puliendo la máscara para que quede lo más perfecta posible con los mínimos fotogramas clave. ¿cuántos necesitaras? pues depende del video, en ocasiones podrás hacerlo con muy pocos keys, y en otras necesitarás casi incluir una para cada fotograma. Pero nunca empieces modificando fotograma a fotograma por sistema, ya que puede que no sea necesario (y el tiempo es oro).
Vale, esto no es muy automático que digamos, pero tenía que decirlo.
Un método más automático que puede servir en algunos casos en los que el objeto a cubrir no modifique su forma (un coche, una piedra.) y no tenga cambios de perspectiva importantes, podría ser hacer un trackeo de la zona, con la herramienta que lleva el After Effects por defecto para ello (rastreador en la versión española), aplicarle dicho seguimiento a un objeto nulo, crear la máscara en un sólido (desactivando el ojo para no ver el color de fondo) y enlazar ese sólido con el objeto nulo (siendo el padre dicho objeto nulo). De esta forma tendremos la mayor parte del trabajo hecho y solo necesitara pequeñas correcciones manuales (o a lo mejor ni eso).
En este caso, dado que la mano y el brazo cambian a lo largo del video (así como la perspectiva del objeto modificando la forma de este) no creo que ayudará mucho el método anterior, ya que tendrías que modificar bastante la máscara de igual forma, así que, en este caso se me ocurre que puedes usar la herramienta de pincel tipo rotoscopia que viene en la versión cs5 de After Effects (desconozco si en anteriores versiones aparece), y viene a ser una especie de pincel similar a la herramienta selección rápida de Photoshop, y con la que podrás seleccionar una zona para hacer un recorte. Para usarla, antes de nada duplica la capa que quieres recortar (en tu caso el video real, no el de la animación) y luego haz doble clic sobre esta copia. Ahora con la herramienta, pinta sobre la zona que quieres seleccionar para el recorte (en tu caso las manos y el brazo). Si te equivocas o se incluye una zona que no deseas, mantén pulsada la tecla Alt y lo que harás es deseleccionar lo que pintes.
Si hay bastante diferencia de contraste y color entre esas zonas y el arma de atrezo que usaste, el pincel hará unos recortes decentes de forma automática.
Lo que tendrás entonces es una capa con el video real entero y otra con los recortes de las manos y el brazo (y el resto transparente). Lo único que tienes que hacer es colocar la capa del video 3d en medio de las otras dos (la del recorte tiene que estar arriba). Ten en cuenta que en After Effects las capas funcionan como en Photoshop, la que está arriba tapa a las demás, salvo que está tenga zonas transparentes (o sea más las otras) desde las que se verán entonces las capas inferiores.
Ya que hablamos del orden de capas, ojo con el orden de los efectos que funciona al revés (igual ya lo sabías, pero ya puestos en faena).