Porque el Alpha Channel muestra una figura en blanco y negro basta. Es decir, que en el canal alpha no aparecen los degradados, ya sean de sombra o de cualquier otro tipo.
En teoría, al exportar tu trabajo a Photoshop debería reconocerte el canal alpha (o si te ha creado un archivo con el alpha aparte, importar este último a la pestaña de canales en Photoshop, una vez abierto el *.png).
También decirte que he tenido algún problema con algún (*.png) con transparencias, me fío más del formato *.tga que una vez abierto con Photoshop ya te viene el alpha incluido.