El montaje de sonido en flash suele resultar muchas veces engorroso y puede dar bastantes problemas tontos, pero que pueden destrozarte el montaje de audio. Hay que tenerlo muy bien organizado todo.
También puedes exportar los archivos flash a vídeo y editar estos en un programa de edición de vídeo. Aunque también suele dar problemas este tipo de exportación. Un saludo.